Struktur Organisasi Kementerian Perburuhan sejak Kabinet Kerja I sampai dengan Kabinet Kerja IV (empat) tidak mengalami perubahan. Struktur Organisasi mulai berubah melalui Peraturan Menteri Perburuhan Nomor : 8 Tahun 1964 yaitu dengan ditetapkannya empat jabatan. Pembantu menteri untuk urusan-urusan administrasi, penelitian, perencanaan dan penilaian hubungan dan pengawasan perburuhan, dan tenaga kerja.
Dalam perkembangan selanjutnya, organisasi Kementerian Perburuhan yang berdasarkan Peraturan tersebut disempurnakan dengan Peraturan Menteri Perburuhan Nomor 13 Tahun 1964 tanggal 27 November 1964, yang pada pokoknya menambah satu jabatan Pembantu Menteri Urusan Khusus.
Dalam periode Orde Baru (masa transisi 1966-1969), Kementerian Perburuhan berubah nama menjadi Departemen Tenaga Kerja (Depnaker) berdasarkan Keputusan tersebut jabatan Pembantu Menteri dilingkungan Depnaker dihapuskan dan sebagai penggantinya dibentuk satu jabatan Sekretaris Jenderal. Masa transisi berakhir tahun 1969 yang ditandai dengan dimulainya tahap pembangunan Repelita I, serta merupakan awal pelaksanaan Pembangunan Jangka Panjang Tahap I (PJPT I).
Pada pembentukan Kabinet Pembangunan II, Depnaker diperluas menjadi Departemen Tenaga Kerja, Transmigrasi dan Koperasi, sehingga ruang lingkup tugas dan fungsinya tidak hanya mencakup permasalahan ketenagakerjaan tetapi juga mencakup permasalahan ketransmigrasian dan pengkoperasian. Susunan organisasi dan tata kerja Departemen Tenaga Kerja Transmigrasi dan Koperasi diatur melalui Kepmen Nakertranskop Nomor Kep 1000/Men/1975 yang mengacu kepada KEPPRES No 44 Tahun 1974.
Dalam Kabinet Pembangunan III, unsur koperasi dipisahkan dan Departemen Tenaga kerja , Transmigrasi dan Koperasi, sehingga menjadi Departemen Tenaga Kerja dan Transmigrasi (Depnakertrans). Dalam masa bakti Kabinet Pembangunan IV dibentuk Departemen Transmigrasi, sehingga unsur transmigrasi dipisah dari Depnaker Susunan organisasi dan tata kerja Depnakerditetapkan dengan Kepmennaker No. Kep 199/Men/1984 sedangkan susunan Organisasi dan Tata Kerja Departemen Transmigrasi Nomor : Kep-55A/Men/1983.
Pada masa reformasi Departemen Tenaga Kerja dan Departemen Transmigrasi kemudian bergabung kembali pada tanggal 22 Februari 2001. Usaha penataan organisasi Departemen Tenaga Kerja dan Transmigrasi terus dilakukan dengan mengacu kepada Keputusan Presiden RI Nomor 47 Tahun 2002 tentang Kedudukan, Tugas, Fungsi Kewenangan, Susunan Organisasi dan Tata Kerja.